万历二十八年才结束，最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱。

    从万历十四年开始，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下。

    因此，朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝。

    他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。

    万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。

    在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。

    同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧日夜纵饮作乐，从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的国本之争。

    明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧，东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。

    在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田足有四万顷之数，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。

    福王之国洛阳刚刚过了一年，万历四十三年五月初四日，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称梃击案。

    起初，皇太子也以为有主使，但郑贵妃一再指天发誓，自明无他。

    朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为疯癫奸徒，处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。

    特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场。

    因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。

    万历十七年，朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了人滞于官”和曹署多空的现象。

    至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。

    为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财，这就是矿监税使。