南区第四层黄灰色土，最厚堆积达九七厘米，距地表最深处为二一五厘米，说明此时这里地势最低，这次洪水使它堆积最厚。但是，在本层底部仍露口一批灰坑，说明此次气候的重大变化之前也有一批人长期生活在这里。第三层的黄褐色土，与中区的第四层土色相同，说明南区这一层的堆积物主要来自中区第层的堆积物。因为南区的地势低于中区，是地表径流搬运的结果。第二层黄灰色土，此时本层主要受北方主河道来水的影响，土色与其它各区都不相同。东部（即中区东部）和北区还受东方来水所裹挟泥土的影响。南区部分探方缺少第二层堆积，少数探方缺第二、三层两个层次的堆积，说明南区在这一时期被水所淹，没有机会形成该两个层次的堆积。
中区地层的土色，第四层黄褐土。厚一零～六零厘米，距地表深一一五～一六零厘米。土质较坚硬，其中夹杂少量红烧土渣。地层中包含遗物不多。本层土色应该是受北区第三层的影响。第三层土色褐色，厚二零～七五厘米，距地表深六零～一五七厘米。土质较硬，夹杂一些红烧土渣，包含遗物多为陶片。第二层红褐色土，厚约三零～七零厘米，距地表深四零～九零厘米。土质坚硬，其中夹杂着一定数量的红烧土碴、块。出土物多为陶片，以泥质和夹砂红、灰陶为主，也有少量的夹蚌红陶。另外还有一定数量的彩陶片。此层土色与北区第层相同，说明此两层为同一堆积过程。第一层为耕土层，厚约一零～三五厘米，土质比较松软，地层中夹杂大量的大汶口文化陶、石器残片，以及汉代板瓦，近代砖、瓦和瓷片等。
西区各层堆积较薄，土色也明显不同于其它区域。西区第四层黄白色土。只有少数探方中有这个堆积层次。该层夹杂有大量的黄白细砂，质地较硬。第三层黄色土。第二层黄红色土，说明此层受到北区第二层堆积的影响，与其时间大致相同。直到第层耕土层中，仍含有较多黄色细砂。说明西区地层的堆积机制更多地受西侧洪水的影响，堆积机制不同于其它诸区。显示这里最接近西侧主河道，同时也受东方洪水的持续影响，各层堆积都与洪水冲刷有关。西区堆积量不大，这里受洪水影响最强。
遗址东部没有遗迹（没有东区，但北区和中区都有东侧部分），主要原因是日常用水不便，大部分时间不适合定居。但是，在最大洪水期，东部也有洪水流过，甚至会淹没过整个遗址。事实上，大洪水曾经多次没过整个遗址。最早是第四层堆积形成时，不是由东向西的洪水，而是由北向南的的洪水带来的大量泥沙，形成了遗址的基本地形。然后是第二、三层两层堆积形成时。在此期间不是太大的洪水，在遗址中、东部以及北部带来大量罹难于洪水的尸体，形成了大规模的二次葬对象。中区第层土色与北区第层相同，同为红褐色，证明这次由东而来的大洪水也曾淹没了整个遗址，然而，只有最高水位时留下了此次洪水的记录。
根据遗址地层堆积现象可以推断，遗址区早期，即北区第五层时，东方来水穿过探方t二六六和t二六零，南区可能与这里相同，也有由东向西的河流，此两区分别有可供人类栖息的成陆沼泽地。北区、中区和南区第四层堆积主要是由北而来的洪水的裹挟物，其土壤性状不同于来自东方的冲积物，但同时也受由东向西洪水的切割和堆积的影响。所以此层土色相近，但并不完全相同。北区是灰黄色，中区为黄褐色，南区是黄灰色。中区第四层土色黄褐色，虽属于同一次堆积过程，但成陆的时间最早。然后以中区为中心南北两侧再分别展开不同的堆积过程。
第二、三层两层的堆积主要则是由北向南来的洪水与由东向西而来的地表径流所带来的堆积物混合堆积的结果。东方所来洪水只有泗河来水，虽然今天看泗河离开遗址尚有一些距离，但在遗址时期应该就是直接影响遗址的水系之一。尼山和峄山山地的表土被雨水冲刷后向西方移动，迫使泗河后世漂移至今天的位置。遗址所承受的来自北方的洪水压力更大，稍近一些的有汶河，同时还会受到更远一点的济水和黄河水系的影响。因此，层与层之间实际上所隔时间可能很长，二者之间可能存在较长的时间差。
最早的灰坑分布，中区的灰坑主要分布在探方t二三九、二四九和二三二，北区的灰坑主要分布在探方t二六三、二六五、二六八、二七零、四零五、四零六和四二五、四二七，南区的灰坑主要分布在探方t四零零九、四零一一、四零一二、四零一六。显示这里早期是被沼泽割裂的小块陆地。在相对干旱的年代，这里为东方地表径流所滋润，既有自然生长的籽实性植物，也有各种动物频繁出没。是早期人类理想的栖息地。所以，从第层下开始，本遗址的人口就展开了迅速增长的态势。
从遗址一米和一五米等高线所表示形状可知，正是造成第四层堆积的大洪水所带来的泥土构筑了此后遗址的基本地形。由原本的沼泽状地貌，变成了一个三面环水的小高地。在更大洪水来临时，会出现四面环水